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要保證芝麻種子高度的發(fā)芽率和種子的食用品質，必須做到合理貯藏。最主要的是注意水分和溫度的變化，防止倉庫害蟲、寄生菌類和老鼠的危害。芝麻種子貯藏的安全水分， 一般為7％左右。種子水分過高，容易在貯藏中發(fā)熱，使種子脂肪分解，引起霉菌寄生和蟲蝕。因此，入庫貯藏之前，必須做好下列幾項工作：
一是清潔倉庫環(huán)境，進行消毒處理；二是將種子風干去雜，曬種過篩，去掉易吸潮的夾雜物質；三是貯藏地點必須通風干燥，下面用隔潮物墊底。采取囤藏的必須把芝麻種子堆平并加防潮覆蓋物，可用細干砂、谷殼糠類，或用麻布、防雨布等。
入庫后，要經常檢查堆中的溫度變化，一般只要種子干燥，防潮措施嚴密，種子處在密閉之下，既防潮又與外界隔絕，種溫變化不會太大。這是由于種子的呼吸作用會逐漸耗盡種子堆中的氧氣，使二氧化碳增多。種子的呼吸作用減弱，這樣就可以減少種子中物質的消耗，同時可抑制好氣性的霉菌和害蟲，減輕危害，保存種子的品質。在冬季低溫情況下，應打開倉庫進行通風，使種溫降低，并有效地消滅害蟲和抑制病菌。農戶留種貯藏，以袋裝貯藏較為適宜。
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